Dalam rangka pengembangan kakao nasional telah ditetapkan program Gerakan Peningkatan Produksi dan Mutu Kakao Nasional. Kegiatan utama dari program tersebut adalah Peremajaan pertanaman kakao yang rusak, Rehabilitasi pertanaman yang kurang baik, dan Intensifikasi pertanaman yang kurang produktif. Prosedur Pemberian Dokumen Jaminan Supply Dalam Rangka Penyediaan Planlet kakao Somatic Embryo Genesis Tahun 2011. Kegiatan peremajaan diarahkan untuk status kebun yang rusak berat yang ditandai dengan tanaman sudah uzur (> 25 tahun), terserang berat oleh hama-penyakit utama, populasi kurang dari 300 pohon/ha, dan produktivitas kurang dari 500 kg/ha, serta masih memenuhi persyaratan kesesuaian lahan untuk kakao.
Kegiatan peremajaan telah ditetapkan menggunakan bahan tanaman unggul klonal yang tahan terhadap penyakit utama, khususnya Vascular Streak Dieback (VSD) yang telah menjangkit dan merusak sebagian besar pertanaman kakao. Penyediaan bahan tanam klonal kakao unggul dapat dilakukan dengan metode setek, sambung bibit dari benih dengan entres klon unggul (sambung pucuk atau tempel tunas/sambung samping), dan dengan metode yang lebih mutakhir yaitu teknik somatic embryogenesis (SE). Ada dua macam proses kultur jaringan tanaman yaitu melalui proses organogenesis atau embriogenesis. Ciri utama dari proses SE adalah pembentukan struktur massa/stuktur bipolar dari eksplan somatik yang akhirnya membentuk kecambah dengan titik tumbuh akar dan daun pada masing-masing ujungnya secara serempak. Sedangkan proses organogenesis ditandai dengan pembentukan struktur unipolar yaitu hanya pembentukan titik tumbuh daun atau akar secara terpisah. Karena prosesnya mirip dengan perkembangan pada biji, tanaman klonal yang dihasilkan dengan teknik SE secara morfologis/arsitektural sangat mirip dengan tanaman asal dari biji, sedangkan tanaman dari proses organogenesis bentuk tanaman mirip dengan tanaman asal setek. Tanaman kakao asal perbanyakan SE dicirikan dengan terbentuknya akar tunggang, adanya struktur jorket, dan sifat-sifat genetiknya sama dengan induk sumber eksplan (homogen). Untuk itu bahan tanam yang diperbanyak dengan teknik SE sangat menentukan sifat-sifat dari hasil perbanyakannya. Sifat-sifat unggul dari induk tanaman akan diturunkan sama persis kepada hasil perbanyakannya.Pada program perbanyakan dengan teknik SE akan digunakan klon-klon kakao unggul seperti ICCRI 03, ICCRI 04, Sca 6, Sul 1, dan Sul 2. Klon-klon tersebut memiliki dayahasil tinggi (di atas 2 ton per ha) dan tahan atau toleran terhadap penyakit utama kakao khususnya Vascular Streak Dieback (VSD). Pusat Penelitian Kopi dan Kakao Indonesia melaksanakan perbanyakan bahan tanam kakao unggul dengan teknologi SE yang telah dikembangkan oleh Nestle Research Centre-Tours-Perancis. Teknologi yang telah dikembangkan tersebut telah dikaji lama sehingga dianggap sudah layak untuk diterapkan secara massal. Hasil perbanyakan klon unggul kakao dengan teknik SE terbukti bersifat normal (true type) dapat berbuah seperti pada tanaman normal pada umumya. Dari pengalaman di negara lain (Equador) telah dibuktikan bahwa pertanaman kakao asal perbanyakan SE memiliki produktivitas lebih tinggi, vigor tanaman lebih vigor (jagur) dibanding dengan tanaman yang diperbanyak dengan setek, sambung, atau dari biji. Uji coba di Pusat penelitian Kopi dan Kakao juga menunjukkan hasil yang sama, perbanyakan klon-klon unggul kakao dengan teknologi SE dapat berproduksi normal seperti penggunaan metode perbanyakan klonal lainnya. Pola distribusi bahan tanaman kakao yang diperbanyak dengan teknik SE dilakukan secara berjenjang, Pusat Penelitian Kopi dan Kakao Indonesia hanya akan menghasilkan plantlet (tanaman kecil) pasca aklimatisasi (sudah beradaptasi dengan lingkungan luar). Plantlet disalurkan kepada para penangkar bibit di daerah (dalam bentuk cabutan) selanjutnya para penangkar bibit melakukan pembibitan di lokasi penanaman. Dengan demikian distribusi menjadi lebih mudah dan murah. Untuk menjaga mutu, semua plantlet yang disalurkan dan bibit siap tanam yang dibuat oleh penangkar akan disertifikasi oleh lembaga yang berwenang yaitu Balai Besar Perbenihan dan Proteksi Tanaman Perkebunan (BBP2TP).